Bei ProFTPd gibt es zum Beispiel das proftpd-mysql Module.

Verzeichnisse kannst du via mkdir(); erstellen.

Hier ist drauf zu achten das du die richtigen Eigentümer / Gruppen Rechte setzt. Dies kannst du entweder als ftpuser oder als root machen. (Auf einem Linux System)

Bei Windows kann ich dir das nicht sagen, wie es mit den Berechtigungen aussieht.