Mh, mit ein wenig sprach kenntnissen sollte es nicht so schwer sein so etwas selber zu machen. Aber...
PHP halte ich dabei auf jeden fall nicht für angebracht... es ist wohl er sinnvoll sich da etwas zu suchen was weniger als "Webdesign-Sprache" gedacht ist... am besten wäre natürlich eine "Btriebsystemnahe" Sprache...vielleicht ein bash-script(unix/linux)
Aber wie auch immer, 2.5Mio dateien ist schon ne menge, wenn er ~12 stück in einer sekunde schaffen würde, wäre er immernoch 2 Tage beschäftigt!(und was machst du wenn du am ende merkst dass du ein einziges Steuerzeichen vergessen hast

)!!
Ich weiß jetzt natürlich nicht was du für einen rechner hast, aber vielleicht wäre es sinnvoll wenn du einen anderen Ansatz wählst!!
z.B.:
Jedesmal wenn auf so eine Datei zugegriffen wird werden von dem Zugreifenden script die steuerzeichen entfernt, beim nächsten abspeichern werden sie dann nicht wieder hinzugefügt... so hast du immer die dateien die gebraucht werden ersetzt....