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  #1 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 14:50
falk44
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Registriert seit: Aug 2010
Beiträge: 4
falk44 befindet sich auf einem aufstrebenden Ast
Standard arghhhhh

also erstmal muss ich sagen ich hatte einmal programmiert und das war vor 10 Jahren und das war auch bloß Informatik-abi... also bin ich also so gut wie jungfräulich.
nun muss etwas programmieren für meine dr. arbeit die sich mit gen-auswertungen befasst

hier der quelltext:

population_info <- function(database="F:/Falk/ncbi/ncbi.db"){

library("RSQLite")

#database name
database <- "F:/Falk/ncbi/ncbi.db"

#database connection
con.population <- dbConnect(dbDriver("SQLite"),database)


#Snp-read-in
cat("\n","SNP Eingabe :","\n")
y<-scan(n=1)

#get data
sql.population <- paste("SELECT SNP.snp_id,SNPSubSNPLink.subsnp_id,allele.allele,Population.loc_pop_id,AlleleFreqBySsPop.freq,dn_Pop ulationIndGrp.pop_id ",
"from SNP,SNPSubSNPLink,AlleleFreqBySsPop,Population,dn_PopulationIndGrp,allele WHERE ",
"SNP.snp_id = SNPSubSNPLink.snp_id AND ",
"SNPSubSNPLink.subsnp_id = AlleleFreqBySsPop.subsnp_id AND ",
"AlleleFreqBySsPop.allele_id = Allele.allele_id And ",
"AlleleFreqBySsPop.pop_id = Population.pop_id AND ",
"AlleleFreqBySsPop.pop_id = dn_PopulationIndGrp.pop_id AND ",
"(Population.loc_pop_id IN ('HapMap-CEU','AFD_EUR_PANEL') OR ",
"dn_PopulationIndGrp.ind_grp_name IN ('European')) AND ",
"SNP.snp_id =",y)


#search and paste related data together
res.population <- dbGetQuery(con.population,sql.population)

sql2.population <- paste("SELECT SNP.snp_id,SNPSubSNPLink.subsnp_id,allele.allele,AlleleFreqBySsPop.freq,Population.loc_pop_id,dn_Pop ulationIndGrp.pop_id ",
"from res.population where Case ",
"When Population.loc_pop_id IN ('HapMap-CEU') Then ",
"limit 1 Else ",
"When Population.loc_pop_id IN ('AFD_EUR_PANEL') then ",
"limit 1 Else limit 1 end ")


#disconnect from database
dbDisconnect(con.population)

#return result
return(res.population)


}

Das was ich alles rausbekomme passt soweit, aber ich habe folgendes problem. Ich sage ihm er soll nur bestimmte populationen heraussuchen. kann ich ihm auch sagen dass er mir die in einer bestimmten reihenfolge ausgeben soll? (Mein "versuch" das zu erreichen ist rot markiert) ich möchte eigentlich immer Hapmap-datenmaterial, dann panel und dann die ergänzende abfrage european für kleinere gruppen haben.

Also ich bin ja eifrig am probieren und lesen aber irgendwie bin ich ratlos... also falls ihr kreative ansätze habt nur zu...

Geändert von falk44 (02-08-2010 um 15:00 Uhr)
  #2 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 14:53
streuner
 Registrierter Benutzer
Links : Onlinestatus : streuner ist offline
Registriert seit: Aug 2009
Ort: Lüneburg
Beiträge: 623
streuner ist zur Zeit noch ein unbeschriebenes Blatt
Standard

Hi.

Guter Ansatz wäre schon mal deinen Code in die dafür
vorgesehenen Code Tags zu packen und etwas mehr
auf deine Grammatik zu achten.

Ist wirklich fies, dass so zu überfliegen!

streuner

P.S. meinst Du das hier: http://sql.1keydata.com/de/sql-order-by.php?
__________________
Erst wenn der letzte FTP Server kostenpflichtig, der letzte GNU-Sourcecode verkauft, der letzte Algorithmus patentiert,
der letzte Netzknoten verkommerzialisert ist, werdet Ihr merken, dass Geld nicht von alleine programmiert.

"Diese Software verdient die 3 großen GGG: --- Gesehen --- Gelacht --- Gelöscht ---"
  #3 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 14:56
falk44
 Registrierter Benutzer
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Registriert seit: Aug 2010
Beiträge: 4
falk44 befindet sich auf einem aufstrebenden Ast
Standard

ich arbeite mit sqlite und r ... ich dachte ehrlich gesagt das sei das gleiche ... au mann... komm mir gerade so ein bissl blöd vor...
  #4 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 15:06
unset
  Moderator
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Ort: Düsseldorf
Beiträge: 3.782
unset befindet sich auf einem aufstrebenden Ast
Standard

Anständiger Titel! Code-Tags benutzen! Aber Dalli, sonst kannst du zukünftig durchs Fenster zugucken!
  #5 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 15:06
falk44
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Beiträge: 4
falk44 befindet sich auf einem aufstrebenden Ast
Standard

ich habe einmal so ein Ergebnis wie ich es jetzt bekomme:

SNP Eingabe :
1: 8
Read 1 item
snp_id subsnp_id allele loc_pop_id freq pop_id
1 8 10388874 T HapMap-CEU 0.1500000 1409
2 8 10388874 C HapMap-CEU 0.8500000 1409
3 8 24493324 T AFD_EUR_PANEL 0.2916667 1371
4 8 24493324 C AFD_EUR_PANEL 0.7083333 1371
5 8 69022229 T HapMap-CEU 0.1500000 1409
6 8 69022229 C HapMap-CEU 0.8500000 1409

So und nun soll als mein Wunschergebnis eigentlich das dastehen
snp_id allele loc_pop_id freq pop_id
1 8 C/T HapMap-CEU 0.8500000/0.1500000 1409

Also diese subsnps werden zur ausgabe nicht gebraucht...
Das heißt ich muss immer 2 zusammenhängende zeilen joinen und zusätzlich die basenanordnung verknüpfen...
also besser kann ich an sich nicht beschreiben was ich haben möchte...
  #6 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 15:11
falk44
 Registrierter Benutzer
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Beiträge: 4
falk44 befindet sich auf einem aufstrebenden Ast
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code tags... au mann... ich werde gleich gesteinigt und weiß noch nich mal wie ich die verwende...

mhh wie benutzt man die?
  #7 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 15:12
unset
  Moderator
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Beiträge: 3.782
unset befindet sich auf einem aufstrebenden Ast
Standard

Dann lies bitte die Regeln, die über jedem Forum klar und deutlich hervorgehoben sind. Das hättest du ohnehin vorher tun sollen. Bevor du also weiter eine Problemlösung erwartest, passe deinen Post entsprechend der Regeln an!
  #8 (permalink)  
Alt 02-08-2010, 17:38
AmicaNoctis
  Moderatorin
Links : Onlinestatus : AmicaNoctis ist offline
Registriert seit: Jul 2009
Beiträge: 5.709
Blog-Einträge: 9
AmicaNoctis sorgt für eine eindrucksvolle AtmosphäreAmicaNoctis sorgt für eine eindrucksvolle Atmosphäre
Standard

Nichts passiert…
=> *trash*
__________________
Hast du die Grundlagen zur Fehlersuche gelesen? Hast du Code-Tags benutzt?
Hast du als URL oder Domain-Beispiele example.com, example.net oder example.org benutzt?
Super, danke!
 

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join sql r


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