Du kannst das Script per Cron entweder über einen Browser (lynx, wget, w3m, whatever) oder auf der Kommandozeile aufrufen. Crontab sähe dann so aus - Ausführung jede Minute
Code:
* * * * * /usr/bin/lynx -source http://example.com/script.php 2>&1 # Browser lynx
* * * * * /usr/bin/wget -q http://example.com/script.php 2>&1 # Downloader wget
* * * * * /usr/bin/php /path/to/docroot/script.php 2>&1 # PHP CLI
Beachte, dass bei der CLI-Variante im Script natürlich nicht die Webserver-Umgebung ($_SERVER) vorhanden ist.
Die max_execution_time kannst du im Script mit set_time_limit(0); auf unendlich setzen. Sollte dein Provider das mit SafeMode verhindern, versuch die CLI-Variante. Denn dabei ist max_execution_time standardmäßig unendlich. Sollte auch hier dein Provider ein Limit gesetzt haben und du es nicht ändern können, musst du mit ihm sprechen. Wenn er dir nicht entgegen kommt, bleibt dir nichts anderes übrig, als im Script die Arbeit in Häppchen zu unterteilen, die im Zeitlimit machbar sind.