Datenübertragung verschiedener Arten

Hallo.
Ich weiß gar nicht so recht ob ich hier richtig bin.

Mein Anliegen:
Man stelle sich vor ein "Kunde" hat Daten, welche er mir übermitteln muss.
Zum einen ein PDF und zum anderen einfach nur Daten, welche ich in meine Datenbank (mySQL) in Verbindung zum PDF eintragen muss.
Dieses kann am Tag mehrere tausende Male von verschiedensten Kunden passieren.
Wie stellt man dieses richtig an?

Mein Gedankengang hat bisher so weit gereicht:
Ich habe meinen Server auf der Seite A
Der "Kunde" hat seinen Server auf der Seite B
Nun kommt der Kunde her und möchte von B nach A ein PDF übermitteln.

Hier schon die erste Frage.
Welche Software kann man nutzen, um dieses automatisiert zu machen.
Sprich: Man richtet einen Dienst beim "Kunden" am Server ein, und da läuft immer sobald etwas vorhanden ist um übermittelt zu werden an.

Bin hier schon auf JaSFtp gestoßen.
Sieht schon recht net aus.
Gibt es hierzu jedoch alternativen?

Zu der Sache mit der Datenübertragung.
Welche Datenübertragung für Daten die in die Datenbank geschrieben werden sollen, würdet ihr empfehlen?
Oder gibt es hier auch Programme, welche z.B. TXT-Datein lesen und gleich in die Datenbank eintragen können.
Das ich dieses auch in PHP lösen kann, ist mir klar.
Möchte mir jedoch arbeit ersparen und die Auslastung vom Webserver nicht zu hoch laufen lassen.

Wo wir schon beim nächsten Thema wären:
Zudem kommt ein Performencproblem hinzu.
Auf meiner Seite muss der Server unheimlich leistungsstark sein, damit ich unmengen von Datenfluten aufnehmen kann.
Gleichzeitig hab ich mir jedoch gedacht, dass die Leute meiner Homepage auch auf die Daten zugreifen können.

Oder...
Wie machen das die ganzen großen Firmen mit ihren Filialen.
Hier ist es doch auch so, dass den ganzen Tag irgendwelche Daten wie zum Beispiel Postleitzahlen, Kundendaten, dessen Einkäufe, Kassebeträge in Textform und Bild an die Zentrale übertragen werden.

Im endefekt soll das was ich suche nicht anderes sein.
Ich habe viele Server rund um mich, mit unmengen Daten, welche bei mir zusammen kommen sollen.
Das ganze muss jedoch über Internet laufen und ein Server hat mit dem anderen nichts zu tun (sprich keine eigene globale Domain).

Kann mir hier jemand helfen?
Würde mich sehr freun.