Bei größeren Projekten fährt man mit dem MVC-Pattern am besten. Für Datenbanken nehme ich eigene Abstraktionsklassen zur Hand, die von PDO abgeleitet sind und noch ein bisschen Zusatzfunktionalität für Fremdschlüssel und ein paar Convenience-Methoden hinzufügen. Das Error-Handling läuft komplett über Exceptions (auch PHP-Fehler und Warnungen werden in Exceptions umgewandelt).

Aufgerufen wird bei mir alles vom Controller. Der selbst wird vom einzigen Nicht-OO-Skript aus instanziiert, welches per mod_rewrite als Catch-All-Resource realisiert ist.