Es kommt nicht darauf an wie du die Datei öffnest, sondern was du hinein schreibst. Im DOS-Format ist ein Zeilenumbruch \r\n, im UNIX-Format nur \n.
Hiermit kannst du die Datei nachträglich konvertieren:
PHP-Code:
file_put_contents($filename, implode("\r\n", file($filename, FILE_IGNORE_NEW_LINES)));