Warum an der Menge der Dateien?
Kannst doch einfach eine Datenbanktabelle machen, wo schon bearbeitete Datein drin stehen.
Dort speicherst du also nur den Namen + eventuell nen timestamp ab.
Diese überspringst du beim nächsten durchlauf.
Dann siehst du dir an, wieviele Datein du ungefähr in einem PHP-Script durchlauf durchbekommst. Solltest dich da ein wenig zurückhalten, wie ich finde, sodass ein durchlauf Max. 5 Sekunden dauern darf (Von Standart glaube ich 30?).
Wieviel Dateien du in einem Durchlauf schaffst, musst du mal austesten^^.
Danach läd er eine Seite, die, je nach dem z.B. über
JS eine weiterleitung und einen Link hat. Nach x Sekunden läd er also die Seite neu. Diesmal werden die nächste X Datein abgearbeitet, bis das Script durch ist.
Edit: Ups hab das mit dem Cronjob überlesen. Naja aber da versteh ich ehrlich gesagt, noch weniger das Problem, da du doch eh mit Datenbank arbeitest?^^